保底工资应按实际出勤天数计算。依据《劳动法》，月实际工资=月工资÷21.75×实际出勤天数。若休息日缩减未依法补偿，将影响员工权益，可能导致劳动纠纷。
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保底工资算法：按出勤算。操作如下：1.确认月工资额；2.计算日均工资（月工资÷21.75）；3.乘以实际出勤天数得实际工资。若休息日工作，还需按法律规定计算加班费。
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处理保底工资问题，常见方式有协商、仲裁、诉讼。首先尝试与雇主协商；协商不成，可向劳动仲裁委员会申请仲裁；仲裁不服，再向法院提起诉讼。